Vào giữa thập niên 70, Harvey J. Alter, Chủ nhiệm bộ môn Bệnh Lây Truyền thuộc Viện Y tế Quốc gia, và nhóm nghiên cứu của ông chứng minh hầu hết các ca viêm gan sau tiêm truyền không do siêu vi Viêm gan A hoặc B. Mặc dù khám phá này, các nỗ lực nghiên cứu quốc tế nhằm tìm cách xác định siêu vi, mà lúc đầu gọi là "viêm gan không A không B" (NANBH), bị thất bại trong thập niên sau đó. Vào năm 1987, Michael Houghton, Qui-Lim Choo, và George Kuo thuộc Chiron Corporation, cộng tác với bác sĩ D.W. Bradley thuộc Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa bệnh, đã dùng phương pháp vô tính phân tử nhằm xác định vi sinh vật chưa biết này.[48] Vào năm 1988, siêu vi này được Alter xác nhận bằng cách kiểm tra bộ mẫu NANBH. Vào tháng 4 năm 1989, việc phát hiện HCV được công bố trong hai bài báo trên tạp chí Science.[49][50] Sự phát hiện siêu vi đưa đến cải thiện đáng kể trong chẩn đoán và cũng nâng cao điều trị chống siêu vi.[48] Vào năm 2000, nữ bác sĩ Alter và Houghton được vinh danh nhận Giải Lasker dành cho nghiên cứu y học lâm sàng vì "công trình tiên phong đưa đến việc phát hiện siêu vi gây viêm gan C và tìm ra phương pháp kiểm tra làm giảm nguy cơ viêm gan do truyền máu từ 30% vào năm 1970 xuống gần như 0% vào năm 2000."[51]

Chiron đệ đơn xin cấp bằng sáng chế về siêu vi C và chẩn đoán siêu vi C.[52] Vào năm 1990, CDC rút đơn xin cấp bằng sáng chế cạnh tranh sau khi Chiron trả 1,9 triệu đô la Mỹ cho CDC và 337.500 đô la Mỹ cho Bradley. Vào năm 1994, Bradley kiện Chiron, tìm cách vô hiệu bằng sáng chế, đưa tên mình vào làm đồng phát minh, và nhận tiền bồi thường và thu nhập khủng. Vào 1998, ông bỏ vụ kiện sau khi bị thua kiện ở tòa phúc thẩm.[53]